海洋——鱼儿的乐园
蔚蓝的大海无边无际。在海洋里的单眼鱼过着快乐的生活。泡泡鱼吐出了一个泡泡，捉住了一条大宝鱼。泡泡鱼兴高采烈，可是被路过的高脚水母将泡泡弄破了，大宝鱼立即躲进了水草堆里。大宝鱼从小叶草里探出脑袋观看外面的世界；浅蓝色的飘带海螺露出黑色的触角，触角随水纹波动像是在播放优雅的音乐；点点鱼随着音乐在珊瑚虫中游来游去，一不小心就撞到了紫色坨坨；紫色坨坨一伸一缩地吐出气泡；
随着气泡的上升一群金黄色的一枝梅；突然前面游来了一只浑身长满刺的鱼慢悠悠的游过来，气泡上升被刺扎破了，这使得他很不高兴瞪大眼睛横冲直撞；一枝梅感觉不妙迅速改变航线躲过了这一劫……这就是大海时而风平浪静，时而波涛汹涌。
进化——比目鱼的出现
在海洋中，漫长的生物进化在不断进行。单眼鱼在繁衍后代的过程中，出现了旁系——双眼鱼。起初一些单眼鱼看见双眼鱼时非常新奇却又有点害怕，不敢接近他们。可是胆大妄为的泡泡鱼尽用泡泡捉住他们，幸亏高脚水母救了他们，否则会引起一场争端。经过一番了解单眼鱼和双眼鱼成为了朋友，并为双眼鱼命名为比目鱼。大伙在海洋中和谐相处。
失衡——海洋生物的危机
比目鱼这支充满活力的生力军在不断的成长。突然有一天，一颗陨石坠入海洋中，至此打破了海洋的平衡。陨石中带有宇宙射线。比目鱼受到了污染改变了他们的基因和细胞结构。导致了他们的繁殖能力增强。在短时间内到处可以看到基因突变的比目鱼，而且数量还在急剧增多。海洋的生态平衡被破坏了，地震、海啸、火山爆发使得大量生物面临危机……
挽救——泡泡鱼的行动
泡泡鱼在这种紧急的状态下他制定了“方舟计划”——收集濒临灭绝的鱼类，并和这些伙伴们开始冒险旅程，希望找到新的家园和遏制比目鱼家族的不断扩大。在旅途中他们遇到惹麻烦的刺鱼，外表美丽却暗藏杀机的旋转海星，难缠的幽灵水母……
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