武功门派是《南帝北丐2》特色之一，并且也贯穿游戏始终。玩家角色2级开启。
初入江湖后，玩家可以学习桃花岛的门派武功进行江湖闯荡，主要为兰花拂穴手、落英神剑掌、碧海潮生曲、凝神归元。
学习完桃花岛武学后，还可以再次选择学习全真派、古墓派、逍遥派三个门派的一个，并且如果运气好获得推荐信后还可以学习其他两个门派武功。
南帝北丐2全真派
全真教技能主要为单体输出，并且制造破绽，伴随有持续掉血的效果，橙色侠客配置最佳为郭靖，因为郭靖的技能“武穆遗书”可以提高百分之十三的全属性，对单体输出很有帮助，如果不求辅助的话，侠客就根据自己喜好。
全真教心法：使用外攻武功时，提升伤害
冲天掌：单体伤害，造成目标破绽
同归剑法：单体伤害，造成目标破绽，并且导致对方每回合掉血，持续4回合。
太乙神功：使用起手武功有几率额外多造成1点破绽。
三花聚顶掌：单体终结技，如果目标破绽达到4点即可额外造成大量伤害。
南帝北丐2逍遥派
逍遥派技能主要为辅助，但是白虹掌的单体输出比之也是170%，所以单体输出也很可观，选择了逍遥派，那么侠客肯定是要用输出型的了，最好是选择外功型的，敏捷型的容易死。
逍遥派心法：受到伤害后减少一定比例伤害
白虹掌：造成伤害，并且嘲讽对手2回合，强制攻击自己。
天山六阳掌：给队友灌输内力，使其每回合恢复体力，持续3回合。
唯我独尊功：装备后，自身每回合恢复一定体力。
传音搜魂：复活一个单位，并恢复其一定比例的体力
南帝北丐2古墓派
古墓派技能主要为群攻技能，配合辅助侠客能造成对手大量伤害
玉女散花掌：单体伤害，并且恢复自身内力。
玉女素心剑法：向前方发出双剑连击，造成随机2伤害。
逐风拂柳：每回合恢复内力，入场初始内力增加。
天罗地网：攻击一个目标，同时随机打击另外2个目标，并造成伤害。
唯我独尊功：装备后，自身每回合恢复一定体力。
传音搜魂：复活一个单位，并恢复其一定比例的体力
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