在武林群侠传中目前共有5个门派，分别是灵瑶岛、千毒宫、天剑派、狂龙堂以及太极门，玩家可以通过了解这些门派之后在进行选择。
武林群侠传灵瑶岛：
“灵瑶飞仙落青影，天邪乱魂震天下”坐落于东海之上的灵瑶岛终日云雾缭绕，其武学以威力强劲的指法著称，辅以轻盈灵动的步法及变化万端、精准奥妙的剑招。主修内功《混天真经》，偏向进攻。
武林群侠传千毒宫：
千毒宫武学讲究出手迅猛，招式简洁，擅以奇毒辅助拳脚刀剑，招招致命。不过自毒王韦天赐隐去踪迹之后，千毒宫中邪气渐正，逐渐将奇毒转化为用以防身的非致命毒素。主修内功《易筋经》，偏向进攻。
武林群侠传天剑派：
坐落于杭州西湖畔的天剑山庄以剑法卓绝著称，擅剑技，尊剑道。以剑为天，以剑为心，乃是天剑派之根本。其武学博大精深，结合玄天之术，招式大开大合，气势宏大。主修内功《玄通宝典》，攻防平衡。
武林群侠传狂龙堂：
门派排行中仅次于少林寺的狂龙堂，武学博大精深，内功心法名震江湖。其拳掌刚猛精正，变化多端，攻守兼备。其名震江湖的十五式怒龙掌互可自如衔接，威力天下无双。主修内功《混元宁心咒》，偏向防守。
武林群侠传太极门：
太极门弟子修习道教内功，讲究识心见性，返璞归真。其门下弟子拥有扎实的基础，武学招式多变，辅以玄功、法阵，战法多样多变，面对各种境况均能应对自如。主修内功《灵剑诀》，偏向防守。
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