在《帝国舰队》港口界面右侧，临近科研中心、军情处与虚空实验室的两个圆拱型建筑就是舰队的仓库。《帝国舰队》的两个仓库，需要在指挥中心达到一定等级后，才能先后开放、使用。指挥中心到达6级后，舰队可以开放第一个仓库，到达11级后开放第二个。
作为《帝国舰队》的“后勤”建筑，有了仓库之后，系统将自动划分一部分产出的资源到这里(资源种类包括岛屿界面可产出的一切资源)，而且这部分资源，即便在本方舰队敌方被攻破时，也永远不会被掠夺。同时随着仓库等级的提升，存放资源的容量也将增大。也就是说，资源不被掠夺的比例，也将随仓库等级的不断提升而不断增大。最高等级的仓库，可以保护的资源为总资源产出的50%。所以，到了舰队成型的后期，仓库的作用是相当关键的。
仓库的升级只需要铁矿、石油、硅矿等资源，并不需要其他额外辅助。由于仓库的重要性在游戏后期的发挥更为突出，所以对于游戏初期的玩家而言，还是不用过早的把精力用在它的升级上面。只需要平衡两个仓库等级，适当的同步升级一下就可以了。因为如果只单一提升一个仓库等级的话，并不能达到资源保护的最大化。而且差距越大，后期升级速度上的牵制也就越让人挠头，当然，如果你有充足的宝石进行加速就另说了。
仓库在《帝国舰队》中，虽然不像铁矿厂、油井之类的，直接产出资源的，但它却是舰队中唯一用于资源防御的建筑，所以千万不要忽略它的作用！
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